Из архивных источников известно, что в 1763 г. в Верхневилюйском зимовье уже существовала церковь Николая Чудотворца со священником Василием Егоровым.
В 1896г. Началось строительство храма Святой Троицы. На строительство пригласили мастеров из Туобуйи (Петр Иванович Ойо5ос уола, Кулукус Никифор), из Халбаакы (Моодуо Тайыла и Нэккэ Василий Мордовские), из Дюллюкю (Спиридон), из Кэнтикского наслега (Ба5а Дьэлиьиэй).
В 1897г в местности Куорамыкы была построена Свято-Троицкая деревянная церковь с одним колоколом на средства прихожан, на средства уроженца Меикского наслега Трофима Попова, дворянина М.Г. Неустроева. Спустя два года в 1899г. по разрешению епископа Никонора благочинный Вилюйского округа Валентин Винокуров освятил церковь.
Здание старого храма Святой Троицы 1897 года постройки
Службу нес один состав причта (утвержден в 1897г.), который получал государственное жалованье и ружное содержание, имел в своем содержании 33 десятины сенокосной земли и дома для проживания. Сначала в новой церкви священнкиком работал Иннокентий Синицин, его сменил дьякон Владимир Прокопьевич Протопопов, затем работали Яков Петров, Данилов, Иосиф Попов, Сергей Лесин.
С 1913г. рядом с церковью находилась школа Министерства народного просвещения, и поэтому церковноприходской школы в приходе не было. К 1913г. прихожанами Верхневилюйской церкви были 4815 человек, проживавших во 2-м Едюгейском, Кэнтикском, Оргетском, Тобуйском, Намском наслегах Верхневилюйского улуса, Кангаласском, Сытыканском, Оргетском наслегах Средне-Вилюйского улуса Вилюйского округа и 2-м Мытахском, Жемконском наслегах Якутского округа.
В то время из-за плохих дорог до дальних деревень было затруднительно добраться, поэтому каждые несколько лет организовывались выезды священника по наслегам. Специально для того, чтобы священник смог проехать прорубали тайгу и строили дорогу, с двух сторон поддерживали лошадь священника. В наслегах строили часовни для проведения богослужений. В церкви работала библиотека религиозной, духовно-нравственной литературы.
В советское время церковь использовалась как ссыпной пункт. В настоящее время здание храма сохранилось в руинированном состоянии.
Строительство нового храма началось в 2015 году. Освящение нового Храма Святой Живоночальной Троицы состоялось в сентябре 2019 года. Церемонию Великого освящения провел архиепископ Якутский и Ленский Роман.
Здание нового Храма Святой Живоночальной Троицы в с.Верхневилюйск.
На богослужении присутствовал глава Республики Саха (Якутия) Айсен Николаев, и после освящения передал в дар новому храму икону Святой Живоначальной Троицы.
Из воспоминаний Петра Докторова, «Уеьээ Булуу нэьилиэгэ» 1 часть, О.Д. Федорова, М.Е. Иванов, И.В. Степанов, -Якутск: Медиа-холдинг «Якутия», 2011, стр.18.
Якутия. Хроника. Факты. События. 1632-1990/ Департамент по архивному делу РС(Я), Нац. Арх. РС(Я); ред. В.Н. Иванов, д. ист. Наук, профессор, сост. А.А. Калашников. – Якутск: Бичик, 2012
Церкви Якутии: краткая история. Юрганова И.И., — Якутск, 2010.
В Верхневилюйске возведен Троицкий храм: Официальный информационный портал Республики Саха (Якутия), https://www.sakha.gov.ru/news/front/view/id/3071672
Телеканал «Союз» запись от 27 февр. 2019 г.